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Aspecto del atolón de Santa Pola hace 6 millones de años. En ese momento, la línea de costa estaría situada unos 20 km al oeste del litoral actual. El cuadrado rojo representa la posición actual de la Ermita.
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Esquema paleogeográfico que muestra cómo sería el sector de la ermita durante el Messiniense. El punto que hoy ocupa la misma (cuadrado rojo) se encontraría a unos 90 metros de profundidad. Se puede observar como la morfología que desarrollaron las colonias del coral Porites estaba controlada por la profundidad de las aguas, es decir por la energía mecánica del oleaje y las corrientes, así como por la iluminación.

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